La Catedral de León tuvo en el encuentro de las naves altas uno de los puntos más conflictivos en la historia del edificio. La cúpula barroca que durante más de dos siglos estuvo levantada sobre el crucero fue considerada como una de las causas principales de la ruina del edificio.

El crucero de la Catedral de León permaneció cerrado con una bóveda de crucería simple hasta el siglo XVII. En el año 1631, el Cabildo de la Catedral llamó a Juan de Naveda, arquitecto mayor del Rey Felipe IV en Castilla, para reparar desperfectos localizados en el crucero. Pero Juan de Naveda no se limitó a la reparación de los daños, sino que planteó un aparatoso proyecto destinado a levantar una grandiosa cúpula barroca en el crucero.

La cúpula de Juan de Naveda trataba de aportar grandeza y fasto barroco a la catedral de León. Para levantar la media naranja, el arquitecto utilizó como apoyo los pilares torales o centrales del crucero. Sobre ellos colocó cuatro trompas decoradas con figuras de los Evangelistas. Apoyándose en las trompas fabricó el anillo, no muy alto, rodeado de una línea de cornisa. Elevada sobre este anillo, volteó la airosa cúpula. La parte interior de la cúpula recibió fastuosa decoración de gusto barroco: se dividió la superficie en compartimentos mediante fajas y en las hornacinas se esculpieron estatuas de los Doctores de la Iglesia, mientras que en los medallones se representaron sibilas y mujeres bíblicas.

Esta cúpula no se llegó a cerrar hasta el siglo XVIII. En 1711, Pantaleón de Pontón Setién dio las trazas de una linterna que tardó unos años en levantarse y finalmente tuvo que hacerse de madera, para aligerar su peso.

Pero esta colosal máquina barroca fue origen de un sinfín de problemas para la Catedral de León. La cúpula ejerció empujes muy fuertes que se sintieron especialmente en dos zonas: en los pilares del crucero, que, incapaces de resistir el peso, se abrieron en su parte superior, y en el brazo sur del crucero, que, muy debilitado por las fuertes presiones que recibió, tuvo que ser constantemente reparado.

Para intentar asentar la cúpula, fue llamado Joaquín de Churriguera. Este maestro trató de evitar la apertura de los pilares colocando unos poderosos pilastrones que remató en pináculos. Estos pilastrones pesaban más de 350 toneladas, pero, en lugar de asentar con su peso a los pilares torales, contribuyeron, por el contrario, a acentuar la ruina del edificio.

La cúpula y sus pilastrones siguieron incrementando su funesta acción sobre la Catedral de León durante más de un siglo. En el año 1857, comenzaron a caer fragmentos cascotes y materiales de las bóvedas y arcos causando pavor entre la población, que veía la sombra de la ruina cernerse irremediablemente sobre el templo. La Catedral de León fue declarada "un edificio herido de muerte".

Matías Laviña, nombrado arquitecto de la Catedral de León en 1859, emprendió la arriesgada tarea de desmontar por completo la cúpula y sus pilastrones. Estas tareas se realizaron con gran agilidad y arrojo, desmontándose estos elementos con medios modestos y desde alturas sobrecogedoras. Desde 1859 hasta 1863, la Catedral de León conoció un trepidante proceso de desmontes masivos que desarmaron no sólo la cúpula y sus pilastrones sino todo el brazo sur de la Catedral, llegándose con los derribos hasta el pavimento y los cimientos en esta zona meridional de la Catedral. El edificio, tras los desmontes, presentaba un estado dramático con un inmenso boquete abierto en el corazón de sus fábricas.

Una vez desmontada la cúpula barroca no faltaron intentos de volver a levantar nuevos organismos sobre el debilitado crucero de la Catedral de León.

El propio protagonista de los desmontes, el arquitecto Matías Laviña, al tiempo que planteaba la demolición de la cúpula barroca, presentó en 1860 un proyecto de nueva cúpula para el crucero de la Catedral de León.

El proyecto de Matías Laviña planteaba en este caso una cúpula "goticista". Nuevamente levantada sobre los pilares torales, se erigía a partir de un poderoso tambor con ventanales goticistas. Estos ventanales apuntados se adronaban con vidrieras y todo ello se remataba de nuevo con una linterna calada.

Pero la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando se pronunció decididamente "contra la erección de toda cúpula cualquiera que fuera su forma o carácter". Los gravísimos problemas que había causado la cúpula barroca desaconsejaban cargar con nuevo peso al crucero de la Catedral de León. El proyecto de Matías Laviña no fue aprobado y permanece custodiado en el Archivo de la Catedral de León.

Varios años más tarde de estos acontecimientos, una vez asegurada la estabilidad de la Catedral de León, el arquitecto Demetrio de los Ríos volvió a insistir sobre la posibilidad de elevar una torre o flecha sobre el crucero de la Catedral de León. Este "pensamiento de remate monumental sobre la gran bóveda central del crucero", como fue denominado por el propio Demetrio de los Ríos, fue expresado en un anteproyecto fechado en 1885. Pero el propio arquitecto fue consciente de las dificultades de llevar adelante una obra de esta envergadura y su sugerencia quedó reducida a lo que él mismo refería como un "pensamiento".

Como "pensamiento" incompleto, Demetrio de los Ríos se limitó a esbozar en un plano el arranque de esta torre. Siguiendo las proporciones de este primer tramo y tratando de completar la idea de Demetrio de los Ríos, podemos suponer que este arranque de la torre se hubiera continuado con la erección de varios pináculos, y todo ello rematado con una airosa flecha o quizás un chapitel calado que, como decía el arquitecto, remontaba la cruz en el espacio.

Este torre flecha era un intento romántico de dotar a la Catedral de León de un elemento constructivo cargado de significados simbólicos. Las formas apuntadas de la arquitectura gótica eran interpretadas como imágenes alegóricas llenas de sentidos teológicos con sus flechas dirigidas hacia la inmensidad del cielo.

Además de esta torre rematada en flecha, el propio Demetrio de los Ríos presentó esta opción junto a otra propuesta que describió como "una ligera flecha compuesta de diversos y numerosos cuerpos, ornados de estatuas, hasta recibir la delgada aguja final de atrevida altura". Posiblemente el arquitecto tenía en su mente las flechas de madera que Eugène Viollet-le-Duc había levantado Francia en la Catedral de Notre-Dame y en la Santa Capilla de París. También podemos aventurar la hipótesis de cómo hbiera resultado la erección de una flecha de este tipo sobre la Catedral de León.

Pero al igual que ocurrió con la propuesta de Matías Laviña, estas ideas de Demetrio de los Ríos fueron desechadas por la Academia de Bellas Artes de San Fernando que se mostró tajante al decir que "sobre los pilares torales no debe erigirse torre, cúpula ni flecha alguna, porque ni consta que la haya tenido el templo, no la erección de cualquiera de ellas conduciría a otra cosa que a comprometer la estabilidad del mismo". Ante este juicio, los sucesos e incidentes experimentados por el crucero de la Catedral tuvieron el desenlace final que hoy podemos contemplar y que consistió en cerrar este tramo central del crucero con una bóveda de crucería simple. De este modo, la Catedral de León recuperaba así su cerramiento gótico primigenio.