Un proyecto tan complejo como el que nos ocupa no se puede llevar a cabo sin tener que superar dificultades de muy distinta índole.
En nuestro caso, ciñéndonos al desarrollo del proyecto, podemos destacar, por ejemplo, la problematica relativa a la reconstrucción de los estados anteriores de la catedral, al tener que partir de documentación antigua, procedente de distintas fuentes y épocas lo que en muchos casos da lugar a discrepancias.

Por ejemplo, los pilastrones y la Cupula barroca no son perfectamente visibles en ninguno de los planos o grabados de la época, por lo que para su realización hubo que llegar a compromisos entre las diferentes hipótesis y basarse en textos de la época que los describen.

Más complejo aun fue el caso de la Torre de Demetrio de los Rios, apenas esbozada en uno de sus planos y que se ha reconstruido según las descripciones que de ella realizó el propio arquitecto.

Otro tipo de dificultades fueron las relativas a la propia magnitud de los modelos realizados lo que llevó a continuas ampliaciones del hardware para poder manejar la ingente cantidad de información generada, especialmente a la hora de montar el conjunto completo y proceder a su renderizado.